從宏觀上看，珍珠可以無瑕；而從微觀上看，珍珠都是有瑕。而有瑕無瑕的判斷根據(jù)不同的參照物和判斷標準會有不同的結(jié)果。

從物理構(gòu)造來講，珍珠的形貌是由碳酸鈣結(jié)晶體與殼角蛋白壘積在珍珠表面的反映。在理想狀態(tài)下，其表面應該是光滑干凈的，但實際上由于外界環(huán)境的復雜多變和蚌（貝）體的健康程度不同，使珍珠表面往往偏離理想狀態(tài)，出現(xiàn)許多瑕疵，如溝紋、凹凸、斑點、氣泡紋線、裂紋、凹坑、黑點、缺口、針尖等。如果水中溫度、離子濃度等的變化不大，則晶體生長穩(wěn)定，結(jié)構(gòu)清晰，珍珠的表面就比較光滑，反之，晶體就易發(fā)生突變，產(chǎn)生缺憾。以我們的常識就知道，水質(zhì)、水溫、離子濃度等不太可能保持一致，因此理想狀態(tài)很難存在，自然對于瑕疵的理想化要求也同樣不宜化。有各種微生物生長，珍珠母貝在幾年的生長過程中也往往可能受到某些病菌的影響，同時插核技術(shù)也可能會影響到珍珠的形成及其皮質(zhì)，因此真正完全光滑無瑕疵的珍珠是的。大多數(shù)養(yǎng)殖珍珠表面都會或多或少帶上一些“皰“、“花紋”、”“腰線“、““、“凹坑“等瑕疵。這也是古話所說“無瑕不成珠”的理論根據(jù)。