與農(nóng)家肥相比，生物有機肥的根本優(yōu)勢在于： 生物有機肥中的功能菌對提高土壤肥力、促進作物生長具有特定功效，而農(nóng)家肥屬自然發(fā)酵生成，不具備優(yōu)勢功能菌的特別的效。

與生物菌肥相比，生物有機肥包含功能菌和有機質(zhì)，有機質(zhì)除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的環(huán)境，施入土壤后功能菌容易定殖并發(fā)揮作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不適合有的土壤環(huán)境，無法存活或發(fā)揮作用。另一方面，生物有機肥比生物菌肥價格更為便宜。

現(xiàn)階段， 國內(nèi)種植戶施用生物有機肥的積極性不高，生物有機肥使用率相對較低，主要在蔬菜、水果、中草藥、煙和草等附加值較高的經(jīng)濟作物上應用。但隨著人們消費水平和安全意識的提高， 對綠色有機農(nóng)產(chǎn)品的需求日益增強， 生物有機肥將會成為農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的必然選擇。

目前，生物有機肥在一些生態(tài)示范區(qū)、綠色和有機農(nóng)產(chǎn)品基地應用取得了較好的效果， 這對生物有機肥今后的推廣應用起到良好的示范作用。

生物有機肥是指特定功用微生物與主要以動植物殘體為來源并經(jīng)無害化處置、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。那么施用生物有機肥需求留意哪些問題呢？選用質(zhì)量合格的微生物肥料。質(zhì)量低下、有效活菌數(shù)達不到規(guī)則指標、雜菌含量高或已過有效期的產(chǎn)品不能施用。施用時盡量減少肥料中微生物的死去。應防止陽光直射菌肥，拌種時應在陰涼處操作，拌種后要及時播種，并立刻覆土。普通菌肥不可與有害的藥、化肥混合施用。