刺激有機物釋放富含營養(yǎng)的有機物，可以通過微生物活動不斷釋放植物生長所需的營養(yǎng)元素，從而達到持久肥效的目的。松土保肥，改善富環(huán)境有機質(zhì)，還可以改善土壤物理性質(zhì)，增加土壤團聚體結構，從而松土，減少土壤硬化，有利于節(jié)水、保肥、通氣和根系發(fā)育，為作物提供適宜的微生態(tài)生長環(huán)境。目前，市場上出現(xiàn)的各種生物肥料實際上都是含有大量微生物的培養(yǎng)物。它們可以是或顆粒，或者它們可以是液態(tài)。將它們施用到土壤中，在適當?shù)臈l件下進一步生長和繁殖，一方面可以將土壤中一些難以被植物吸收的養(yǎng)分轉(zhuǎn)化為易于吸收的形式，另一方面可以分泌一些有利于植物生長的代謝物，并通過一系列的生命活動刺激植物生長。

1.微生物在土壤中物質(zhì)和能量的輸入和輸出中起著非常重要的作用，它可以活化土壤的有機和無機養(yǎng)分，分解有機物，釋放養(yǎng)分，增加養(yǎng)分的有效性；2.微生物通過代謝過程中氧氣、二氧化碳和分泌的有機酸等酸性物質(zhì)的交換，促進土壤中微量元素的釋放和螯合，有效打破土壤硬化，促進團聚體結構的形成，改善土壤的通風條件，促進有機質(zhì)、腐殖酸和腐殖質(zhì)的生成；3.微生物在繁殖和代謝過程中可以降解土壤中殘留的化肥、有機農(nóng)業(yè)肥料、重金屬等污染物，從而降低土壤污染程度。

微生物的個主要功能是分解土壤有機質(zhì)。例如，施用到土壤上的作物和有機肥的殘余根和葉只能通過土壤微生物的作用分解，釋放營養(yǎng)元素供作物使用，形成腐殖質(zhì)，并改善土壤的結構和耕作。同樣的土壤有機質(zhì)也是微生物的生存和繁殖，谷物微生物不能從土壤有機質(zhì)中分離出來。這兩者相輔相成。微生物可以促進營養(yǎng)吸收。提高肥料利用率。添加到生物肥料中的不同類型的菌具有不同的功能。例如，“枯草芽孢菌軍”可以提高作物的抗逆性和固氮能力。“大孢子菌”能分解磷(磷細菌)，對土壤中有機磷有很好的降解效果。膠凝芽孢能溶解鉀，釋放可溶性磷、鉀元素以及鈣、硫、鎂、鐵、鋅、鉬、錳等中微量元素。膠質(zhì)孢子棒菌具有溶解磷、釋放鉀和固定氮的功能。

微生物菌劑的合理使用可以改善土壤結構，減少肥料消耗，降低生產(chǎn)成本，提高作物質(zhì)量，增加產(chǎn)量，從而提高產(chǎn)品的經(jīng)濟效益。1.釋放土壤養(yǎng)分。微生物制劑含有大量有效細菌，可以將土壤中一些作物難以吸收的物質(zhì)轉(zhuǎn)化為可吸收利用的有效養(yǎng)分。有效菌分泌的胞外多糖是土壤團聚體結構的粘合劑，能增強土壤團聚體結構，疏松土壤，提高土壤滲透性和保水保肥能力，改善土壤養(yǎng)分供應。2、提高肥料利用率。微生物制劑中的大多數(shù)有效細菌都能分解土壤中的有機物。腐植酸是有機物分解過程中產(chǎn)生的。土壤中的腐植酸和氮形成腐植酸銨，可以減少氮肥的流失。