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基因組甲l基化水平(Methyl ati on Content)的分析:
1.高l效液相色譜(Hi gh-performanceLi qui dChromatography, HPLC)HPLC是- -種比較傳統(tǒng)的方法,是根據(jù)DNA或蛋白分子量和構(gòu)象的不同而使其加以分離。由于在動(dòng)態(tài)相和靜態(tài)相下分子的光吸收度并不相同而加以定量。隨著系統(tǒng)的壓強(qiáng)的增加,其分辨率增l高。故而能夠定量測(cè)定基因組整體水平DNA甲l基化水平。C使用Imageproplus軟件對(duì)A蛋白灰度檢測(cè),A蛋白表達(dá)變化統(tǒng)計(jì)圖。該方法由Ruo等1980年首l次報(bào)道。過(guò)程是將DNA樣品先經(jīng)鹽酸或氫l氟酸水解成堿基,水解產(chǎn)物通過(guò)色譜柱,結(jié)果與標(biāo)準(zhǔn)品比較,用紫外光測(cè)定吸收峰值及其量,計(jì)算5 mC/(5mC 5C)的積分面積就得到基因組整體的甲l基化水平。這是一種檢測(cè)DNA甲l基化水平的標(biāo)準(zhǔn)方法。
2.高l效毛細(xì)管電泳法(Hi gh-per formance Capillary Electrophoresis, HPCE)這是一-種利用窄孔熔融石英毛細(xì)管來(lái)從復(fù)合物中分離不同化學(xué)組分的技術(shù)。其基礎(chǔ)是在強(qiáng)電場(chǎng)下不同分子的由于其所帶電荷,大小,結(jié)構(gòu)以及疏水性等不同而相互分開。ceRNA是目前轉(zhuǎn)錄調(diào)控領(lǐng)域的熱點(diǎn)內(nèi)容之一,通過(guò)全轉(zhuǎn)錄組研究能夠系統(tǒng)性的闡述ceRNA的分子作用機(jī)制。用HIPCE方法處理DNA水解產(chǎn)物來(lái)確定5mC水平,簡(jiǎn)便,經(jīng)濟(jì)且敏感性高。
Southern雜交
實(shí)驗(yàn)原理
Southern印跡雜交(Southern blot)是1975年由英國(guó)人southern創(chuàng)建,是研究DNA圖譜的基本技術(shù)。Southern印跡雜交是進(jìn)行基因組DNA特定序列定位的通用方法。在測(cè)定時(shí),受檢標(biāo)本(測(cè)定其中的抗ti或抗原)與固相載體表面的抗原或抗ti起反應(yīng),洗滌使固相載體上形成的抗原抗ti復(fù)合物與液體中的其他物質(zhì)分開,再加入酶標(biāo)記的抗原或抗ti,通過(guò)反應(yīng)使其結(jié)合在固相載體上。一般利用瓊脂糖凝膠電泳分離經(jīng)限制性內(nèi)切酶消化的DNAl片段,將膠上的DNA變性并在原位將單鏈DNAl片段轉(zhuǎn)移至尼龍膜或其他固相支持物上,經(jīng)干烤或者紫外線照射固定,再與相對(duì)應(yīng)結(jié)構(gòu)的標(biāo)記探針進(jìn)行雜交,用放l射自顯影或酶反應(yīng)顯色,從而檢測(cè)特定DNA分子的含量。