禪城祖廟始建于北宋元豐年間（1078年~1085年），當時的名稱叫祖堂，其實就是北帝廟，當時珠三角地區(qū)多為水鄉(xiāng)，水患多，而北帝恰是傳說中治水的神，于是北帝作為禪城人的保護神被供奉起來。但在明代，祖廟遭到破壞。洪武5年，祖廟得到重建。 　　明朝正統(tǒng)十四年，朝廷封祖堂為靈應(yīng)祠，并建了靈應(yīng)牌坊。用木頭按所塑形狀固定好主體骨架，用鋼筋扎好基本輪廓，再將打好的石灰逐步堆上，完成初坯。自此，祖廟由民間祭祀之地變成guan方祭祀之地。 　　

當時，各行各業(yè)人士都拿出自己的東西捐給祖廟，禪城當時手工出名的石灣瓦也被放在了祖廟的屋脊上。 　　上個世紀70年代初，靈應(yīng)祠大堂后面慶真樓的磚木結(jié)構(gòu)改成了混泥土結(jié)構(gòu)。據(jù)當時參加了修繕工作的梁詩裕先生說，當時動用了100多人共花了一年多時間才完成修繕工作。 　　上個世紀70年代還沒有設(shè)立禪城博物館，祖廟旁邊是關(guān)帝廟、媽祖廟等，后來才把它們拆了修建禪城博物館，因此用博物館的概念來評價祖廟是不準確的。為使空氣流通，采用前低后高，巷里對直以兜風入室，此所謂之“露白”，加強了室內(nèi)的穿堂風和足夠的日照。1998年，慶真樓變成危房，加固后又重新使用。