由于益生元不能被人體分解、吸收和利用，通過消化道到達結腸后，有的能被結腸群分解和利用，而促進結腸菌群的生長，在改善腸道微生態(tài)、 促進脂質、蛋白質與礦物類代謝方面具有重要意義，所以愈來愈廣泛地被應用于食品、飼料等領域中。

目前，常用的益生元有低聚糖類，包括低聚果糖、低聚半乳糖、低聚木糖、低聚異麥芽糖、大豆低聚糖、菊粉等，有些微藻類也可作為益生元，如螺旋藻、節(jié)旋藻等，此外多糖（如云芝多糖, 胡蘿含氮多糖）、蛋白質水解物（如酪蛋白的水解物, α-乳清蛋白, 乳鐵蛋白等）以及天然植物中的蔬菜、中草藥、植物等也能作為益生元使用。

功能性低聚糖低聚果糖低聚糖，又稱寡糖，指由2-10個單糖單位以糖苷鍵連接而成的具有直鏈或支鏈的低度聚合糖類的總稱。近年來，低聚糖備受人們的關注，因為它除了是非淀粉多糖之外還是結腸細菌的碳源，攝食后該碳水化合物在腸內不被消化而以完整狀態(tài)進入回腸和盲腸的部位，在結腸中，其大部分或一部分可被結腸中的常駐菌作為基質而利用，結果使pH下降并產生短鏈脂肪酸，這種作用的結果可使病原菌減少。

日常飲食中經常食用益生元將有利于人體營養(yǎng)與健康，可以在早餐谷物如，燕麥片、脆米片中添加低聚果糖，還可以食用富含低聚糖的飲料、糖果、糕點及，對于不能進行喂養(yǎng)而必須依靠人工喂養(yǎng)的嬰兒，為了幫助其健全腸道屏障功能，可以選擇添加了低聚果糖、低聚半乳糖的嬰幼兒乳品。

功效評估根據益生元的定義，一種物質是否被判定為益生元的標準如下：①不被宿主胃腸道消化或吸收，能夠完整到達大腸； ②只能被腸道內常駐的一種或幾種有益菌所利用，促進其生長繁殖或代謝活性；  ③能改善腸道菌群組成。促進宿主健康； ①誘導腸腔內系統(tǒng)性，改善宿主體質。