色譜法的應用可以根據目的分為制備性色譜和分析性色譜兩大類。制備性色譜的目的是分離混合物，獲得一定數量的純凈組分，這包括對有機合成產物的純化、天然產物的分離純化以及去離子水的制備等。相對于色譜法出現之前的純化分離技術如重結晶，色譜法能夠在一步操作之內完成對混合物的分離，但是色譜法分離純化的產量有限，只適合于實驗室應用。制備色譜到底是什么?(1)分析色譜的目的，是分析出混合物中一個(或者幾個)純物質的含量。制備色譜的目的，是從混合物中得到純物質。為了加快分離的時間與提高分離的效率，制備色譜的的進樣品量很大，導致制備色譜柱子的分離負荷的相應加大，也就必須加大色譜柱填料，增大制備色譜的直徑和長度，使用的相對多的流動相。然而，當色譜柱上樣品負載加大的時候，往往導致柱效急劇下降而得不到純的產品。制備色譜，要解決容量與柱子效果之間的矛盾，對重現性也要考慮。從經濟上來說。制備色譜要爭取少用填料，少用溶劑，要盡可能多的得到產品。(2)樣品的前處理：制備色譜柱子由于處理的樣品多，比分析柱子更容易受污染，所以，必要的前處理就顯得非常的必要。萃取、過濾、結晶、固相萃取等簡單的分離方法，如果用得上，而且還不是很麻煩，就要盡可能多的采用以去掉雜質。(3)固定相的選擇硅膠、鍵合固定相(如C18)、離子交換樹脂、聚酰胺、氧化鋁、凝膠等都可以作為色譜柱的填料。 有不少文獻報道，對填料可以進行一下處理提高了分離效果，如，對硅膠進行的(或緩沖液)處理。如果以前做過較臟樣品或活性較高的化合物，需要將進樣口的襯管清洗或更換。

液相色譜儀是屬于易學難用的儀器，特別講究“正確使用”和經驗。液相工作者接觸多的是流動相，流動相也是造成液相色譜各種問題的主要源頭。液相色譜常見的故障一是堵，二是漏。下面就這兩分別展開討論（流動相以甲1醇為例，色譜柱以C18為例） 。

 為何會堵?

“堵”的表現現象就是柱壓異常升高，直接原因就是流路不暢。堵塞的主要位置就是在色譜柱的前端，主要原因就是流動相里有雜質，雜質的主要來源就是細菌。

塞桿密封墊 現象：在高壓下壓力不穩(wěn)定，從泵頭滲漏流動相液體，反映在分析結果上是樣品保留時間的改變。原因：墊圈與運動著的柱塞桿緊緊接觸，是液相色譜系統(tǒng)中易磨損的部件。緩沖液或其它含鹽的流動相更加速墊圈的磨損。墊圈磨損是不可避免的。措施：一旦墊圈損壞只有進行更換。更換時注意要將柱塞桿縮至后，松開泵頭的兩根收緊螺釘，操作時處處以平衡的動作進行，切不可搖動或上下擺動泵頭，否則柱塞桿極易折斷。固定相的不同也可以導致選擇性發(fā)生變化，基柱、柱、C8柱、C18柱等的選擇性有很大差異，一般應優(yōu)先考慮C8柱、C18柱，然后是基柱，再次是柱。