調(diào)節(jié)微生物區(qū)系，改善土壤微生態(tài)系統(tǒng)。腐熟的有機(jī)肥中含有酵母菌、乳酸菌、纖維素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有機(jī)肥還含有固氮菌、硅酸鹽細(xì)菌、溶磷菌、光合細(xì)菌和假單胞菌等一些有益菌，這些微生物除了具有產(chǎn)生大量活性物質(zhì)的能力外，還具有固氮、溶磷、解鉀的能力，有的還具有抑制植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生態(tài)環(huán)境的能力。此外，生物有機(jī)肥施入土壤后，能夠調(diào)節(jié)土壤中微生物的區(qū)系組成，使土壤中的微生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)發(fā)生有益改變。

與農(nóng)家肥相比，生物有機(jī)肥的根本優(yōu)勢在于： 生物有機(jī)肥中的功能菌對提高土壤肥力、促進(jìn)作物生長具有特定功效，而農(nóng)家肥屬自然發(fā)酵生成，不具備優(yōu)勢功能菌的特別的效。

與生物菌肥相比，生物有機(jī)肥包含功能菌和有機(jī)質(zhì)，有機(jī)質(zhì)除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的環(huán)境，施入土壤后功能菌容易定殖并發(fā)揮作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不適合有的土壤環(huán)境，無法存活或發(fā)揮作用。另一方面，生物有機(jī)肥比生物菌肥價(jià)格更為便宜。

現(xiàn)階段， 國內(nèi)種植戶施用生物有機(jī)肥的積極性不高，生物有機(jī)肥使用率相對較低，主要在蔬菜、水果、中草藥、煙和草等附加值較高的經(jīng)濟(jì)作物上應(yīng)用。但隨著人們消費(fèi)水平和安全意識的提高， 對綠色有機(jī)農(nóng)產(chǎn)品的需求日益增強(qiáng)， 生物有機(jī)肥將會(huì)成為農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的必然選擇。

目前，生物有機(jī)肥在一些生態(tài)示范區(qū)、綠色和有機(jī)農(nóng)產(chǎn)品基地應(yīng)用取得了較好的效果， 這對生物有機(jī)肥今后的推廣應(yīng)用起到良好的示范作用。

生物有機(jī)肥是指特定功用微生物與主要以動(dòng)植物殘?bào)w為來源并經(jīng)無害化處置、腐熟的有機(jī)物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機(jī)肥效應(yīng)的肥料。那么施用生物有機(jī)肥需求留意哪些問題呢？選用質(zhì)量合格的微生物肥料。質(zhì)量低下、有效活菌數(shù)達(dá)不到規(guī)則指標(biāo)、雜菌含量高或已過有效期的產(chǎn)品不能施用。施用時(shí)盡量減少肥料中微生物的死去。應(yīng)防止陽光直射菌肥，拌種時(shí)應(yīng)在陰涼處操作，拌種后要及時(shí)播種，并立刻覆土。普通菌肥不可與有害的藥、化肥混合施用。