由于一種肥料常有多種屬性，除上述分類外，還有常見的其他分類方法：①按肥料物理狀態(tài)可分為固體和流體肥料。固體肥料又分為粉狀和粒狀肥料。廄肥有機(jī)肥料家畜糞尿和墊圈材料、飼料殘茬混合堆積并經(jīng)微生物作用而成的肥料。流體肥料是常溫常壓下呈液體狀態(tài)的肥料。②按肥料的化學(xué)性質(zhì)，可分為化學(xué)酸性、化學(xué)堿性和化學(xué)中性肥料。③按肥料被植物選擇吸收后對土壤反應(yīng)的影響，可分為生理中性、生理堿性和生理酸性肥料。④按肥料中養(yǎng)分對植物的有效性，可分為遲效和長效肥料

生物肥料的分類按目前微生物肥料的制品和種類來分析，可以分為兩類：（1）通過其中所含微生物的生命活動(dòng)，增加了植物元素營養(yǎng)的供應(yīng)量，包括土壤和生產(chǎn)環(huán)境中植物營養(yǎng)元素的供應(yīng)總量和植物營養(yǎng)元素的有效供應(yīng)量，導(dǎo)致植物營養(yǎng)狀況的改善，進(jìn)而產(chǎn)量增加，這一類微生物肥料的代表品種是根瘤菌肥料。（2）其制品雖然也是通過其中所含的微生物生命活動(dòng)的關(guān)鍵作用導(dǎo)致作物增產(chǎn)，但是其中微生物生　命活動(dòng)的關(guān)鍵作用不限于提高植物的元素營養(yǎng)供應(yīng)水平，包括了它們所產(chǎn)生的植物生長對植物的刺激作用，促進(jìn)植物對營養(yǎng)元素的吸收作用，或者是有拮抗某些病原微生物的致病作用，減輕作物病蟲害而導(dǎo)致產(chǎn)量增加。完全以天然物質(zhì)（雞糞、牛骨粉、米糠、海藻酸、螯合物等），經(jīng)強(qiáng)力發(fā)酵提煉而成，肥料高度腐熟，無異味，是發(fā)展綠色無公害農(nóng)業(yè)的理想肥料。這類微生物的種類和制品比較多，也比較復(fù)雜。但隨著研究的深入發(fā)展，此類微生物及其制品將會(huì)有比較合理、比較科學(xué)的歸屬、分類。

生物肥料（微生物肥料）的種類較多，按照制品中特定的微生物種類可分為菌肥料（如根瘤菌肥、固氮菌肥）、線菌肥料（如抗生菌肥料）、菌類肥料（如菌根菌）；按其作用機(jī)理分為根瘤菌肥料、固氮菌肥料（自生或聯(lián)合共生類）、解磷菌類肥料、硅酸鹽菌類肥料；按其制品內(nèi)含分為單一的微生物肥料和復(fù)合（或復(fù)混）微生物肥料。復(fù)合微生物肥料又有菌、菌復(fù)合，也有菌和各種添加劑復(fù)合的。國家對有機(jī)肥的生產(chǎn)十分重視，近幾年在政策方面給予傾斜來支持其發(fā)展。

生物有機(jī)復(fù)合肥是汲取傳統(tǒng)有機(jī)肥料之精華，結(jié)合現(xiàn)代生物技術(shù)，加工而成的高科技產(chǎn)品。其營養(yǎng)元素集效、長效、增效為一體，具有提高農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)、抑制土傳病害、增強(qiáng)作物抗逆性、促進(jìn)作物早熟的作用，其主要特點(diǎn)是：一是無污染、無公害。生物復(fù)合肥是天然有機(jī)物質(zhì)與生物技術(shù)的有效組合。生物肥料何謂生物肥料現(xiàn)有生物肥都以有機(jī)質(zhì)為基礎(chǔ)，然后配以菌劑和無機(jī)肥混合而成。它所包含的菌劑，具有加速有機(jī)物質(zhì)分解作用，為作物制造或轉(zhuǎn)化效養(yǎng)分提供“動(dòng)力”。同時(shí)菌劑兼具有提高化肥利用率和活化土壤中潛在養(yǎng)分的作用。二是配方科學(xué)、養(yǎng)分齊全。生物有機(jī)復(fù)合肥料一般是以有機(jī)物質(zhì)為主體，配合少量的化學(xué)肥料，按照農(nóng)作物的需肥規(guī)律和肥料特性進(jìn)行科學(xué)配比，與生物“活化劑”很好的組合，除含有氮、磷、鉀大量營養(yǎng)元素和鈣、鎂、硫、鐵、硼、鋅、硒、鉬等中微量元素外，還含有大量有機(jī)物質(zhì)、腐殖酸類物質(zhì)和保肥增效劑，養(yǎng)分齊全，速緩相濟(jì)，供肥均衡，肥效持久。