基于以上研究，邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)可針對患者分層及各類研究指標提供FGFR抑制劑***中生物標志物研究的整體解決方案，包含：HumanComprehensivePanelMed1CDx；定制的panFGFxpanel；QIAGENtherascreen®FGFRRGQRT-PCRKit；RNAscope檢測FGFR1/2/3/4mRNA表達；FISH（FGF19擴增）；IHC（FGF19表達）等（圖4），湖南全平臺邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺共同合作。圖4FGFR抑制劑相關(guān)的生物標志物整體解決方案??方案1：Med1CDxNGSpanel(601基因)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的Med1CDx綜合panel包含原*基因、遺傳性驅(qū)動基因、細胞周期基因和免疫/炎癥相關(guān)基因等601個基因，可用于對TMB、MMR、MSI、免疫檢查點分子、**新生抗原和HLA分型等***的分析。對于FGFR抑制劑研究，該panel除了能夠檢測FGFR基因的SNV/INDEL、基因重排和擴增等異常，湖南全平臺邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺共同合作，也可以評估已知和探索新的耐藥變異（圖5）。圖5Med1CDx基因分布??方案2：定制panelpanFGFx（40基因）值得關(guān)注的是，邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)針對FGFR抑制劑的研究研發(fā)了“小而精”的panFGFxpanel：FGFR1-4探針覆蓋基因全部外顯子，包括UTR區(qū)，覆蓋**全，同時檢測已知與未知SNV/InDel；針對融合檢測，加入了已知融合伙伴的相關(guān)探針，提高已知融合檢出率；如有新融合發(fā)現(xiàn)需求，湖南全平臺邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺共同合作，可提供涵蓋全部內(nèi)含子區(qū)版本；針對拷貝數(shù)擴增檢測。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)具有多年伴隨診斷服務(wù)經(jīng)驗,獲得CNAS國際實驗室認可,美國CAP認證。湖南全平臺邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺共同合作

    PacBio技術(shù)的優(yōu)缺點PacBio技術(shù)的優(yōu)點：無需PCR擴增，不會人為的引入突變；超長讀長，平均讀長可達到10Kb，**長讀長可以達到40Kb；覆蓋均勻，無GC偏好性；通過reads的自我矯正，10X以上準確率能夠達到；可以直接檢測到甲基化信息，同步進行表觀遺傳學(xué)識別。PacBio技術(shù)的缺點：單條序列錯誤率較高，平均核苷酸準確性不到85%；測序成本較貴。PacBio技術(shù)的應(yīng)用基因組組裝利用PacBio測序平臺，可以克服部分序列GC含量高或重復(fù)序列多等問題，更好的進行基因組詳細描繪，從而進行精細的基因注釋等研究。PacBio測序平臺不需要進行PCR擴增，因此可以減少基因組組裝過程中的人為錯誤和偏差。PacBio測序平臺讀長較長，因此相比二代測序拼接結(jié)果更為準確，同時可以利用其長片段來填補二代數(shù)據(jù)組裝中產(chǎn)生的gap和連接contig為scaffold。全長轉(zhuǎn)錄組測序利用PacBio測序平臺讀長較長的特點，進行轉(zhuǎn)錄組測序可以直接得到轉(zhuǎn)錄本的全長序列，省去了二代測序的拼接過程，使得過程更為簡便，結(jié)果更為準確。 福建個性化邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺誠信合作MSH6抗體試劑 蘇蘇械備20180569號.

    下游的引物IP用于第二輪多重PCR。具體的建庫過程是：步驟1，將樣本DNA進行片段化處理，隨后每個片段兩端加上特殊的接頭；步驟2，加入***輪擴增的上游引物混合池，與特殊接頭互補的通用引物，配制成PCR總體系，進行***輪擴增；步驟3，將***輪PCR產(chǎn)物純化后，加入第二輪擴增的下游引物混合池，與第二步中使用過的特殊接頭互補的通用引物配制成PCR總體系，進行第二輪擴增；步驟4，將第二輪PCR產(chǎn)物純化后，配置反應(yīng)總體系，進行Q-PCR定量，稀釋到合適的濃度，即可用于二代測序。上述技術(shù)方案中，作為推薦，步驟2中，***輪特異性引物是普通的PCR擴增引物，共20個左右的堿基，Tm值設(shè)定在60℃，序列根據(jù)目標區(qū)域設(shè)計得到，多個引物混成一個OP引物池做為***輪PCR的上游引物。PCR總體系為：2倍PCRMix35uL，10umol/LP71uL，1umol/LOP1uL或OP2uL，DNA25uL。上述技術(shù)方案中，作為推薦，步驟3中，第二輪特異性引物是普通的PCR擴增引物，在其5’端加上測序接頭5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’共80個左右的堿基，其中根據(jù)目標區(qū)域設(shè)計得到的序列長度是20個堿基左右，Tm值設(shè)定在60℃，多個引物混成一個IP引物池做為第二輪PCR的上游引物。

    thermofisherscientific)等。研究發(fā)現(xiàn)，基于pcr-ce分型時，相同片段長度的等位基因中存在重復(fù)區(qū)域序列結(jié)構(gòu)不一致的情況。二代測序技術(shù)(secondgenerationsequencing，sgs)又稱為下一代測序技術(shù)(nextgenerationsequencing，ngs)，具有測序通量高、速度快的優(yōu)點。ngs不僅能從長度多態(tài)性上對str基因座進行分析，還能從序列上發(fā)掘str基因座的遺傳多態(tài)性。隨著ngs測序成本越來越低、測序讀長逐漸的增加，ngs對str分型技術(shù)也越來越成熟。近年來，ngs技術(shù)已經(jīng)應(yīng)用于法醫(yī)學(xué)str分型研究。相比于pcr-ce分型，ngs技術(shù)在y-str基因座的分析中具有很多優(yōu)勢：1、樣本輸入量低，使得微量樣本及降解樣本檢材的分型研究變?yōu)榭赡埽?、準確性高，能夠全部覆蓋基因座的每個堿基并通過產(chǎn)出高測序深度保證y-str基因座各等位基因的高概率精確判斷的嚴謹性；3、能夠獲得y-str等位基因間的核苷酸差異信息，由于**重復(fù)結(jié)構(gòu)存在差異或擴增區(qū)段內(nèi)存在變異(側(cè)翼序列的堿基突變或插入缺失)，序列長度相等的等位基因可能是具有遺傳穩(wěn)定性的完全不同的等位基因，這種y-str序列多態(tài)性是個體識別分析的寶貴資源；4、成本低，通過對每個樣本檢材添加標簽一次可以同時對多個樣本進行平行測序。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)擁有專業(yè)的病理醫(yī)生提供相應(yīng)的閱片或遠程病理閱片服務(wù)。

    pcrpurificationkit為德國qiagen公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號為y5-28006。。qubittmdsdnahsassaykit為thermofisher公司的產(chǎn)品，貨號為q32854。truseqdnapcr-freehtlibraryprepkit為illumina公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號為fc-121-3003。kapalibraryquantificationkit為kapa公司的產(chǎn)品，產(chǎn)品目錄號為kk4824。miseqreagentkitv3-600cycles測序試劑為illumina公司的產(chǎn)品，貨號為ms-102-3003。miseqfgx二代測序儀為illumina公司的產(chǎn)品。實施例1、基于二代測序技術(shù)檢測68個基因座的試劑盒的制備一、68個基因座的篩選本發(fā)明的發(fā)明人通過查閱文獻和現(xiàn)有二代測序str分型產(chǎn)品獲得大量候選的y-str基因座，然后根據(jù)中國人群str群體遺傳多態(tài)性分析結(jié)果，**終篩選獲得68個基因座，包括67個y-str基因座和1個性別決定amelogenin基因座。邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)開發(fā)的伴隨診斷試劑盒,基因突變檢測試劑盒,檢測范圍全。福建個性化邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺誠信合作

邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)基于基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、細胞組學(xué)及病理學(xué)等綜合性轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)全平臺。湖南全平臺邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺共同合作

    P7的序列：5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAG3’。PCR總體系為：2倍PCRMix15uL，10umol/LP71uL，1umol/LOP1uL或OP2uL，DNA5uL，NFW5uL。上述技術(shù)方案中，作為推薦，所述步驟4中的PCR總體系10uL具體為：VAHTSSYBRqPCRMasterMix5uL，qPCRPrimerMix1uL，DNA2uL，ROXReferenceDye2，NFW5uL。上述技術(shù)方案中，作為推薦，所述的***輪PCR擴增循環(huán)數(shù)目為10-14。上述技術(shù)方案中，作為推薦，所述的第二輪PCR擴增循環(huán)數(shù)目為10-14。本發(fā)明的優(yōu)點和有益效果在于：提供一種基于多重PCR的二代測序建庫技術(shù)。在二代測序過程中采用該技術(shù)則不需要再購買商業(yè)的建庫試劑盒，所有反應(yīng)試劑都可以單獨購買組合，極大的降低了實驗成本。另外由于在PCR過程中固定了一端的通用引物，極大的降低了多重PCR反應(yīng)體系中的引物種類和數(shù)量，可以有效的抑制非特異性擴增和引物之間的相互干擾，也降低了不同引物間的擴增效率的差異。附圖說明為了更清楚地說明本發(fā)明實施例或現(xiàn)有技術(shù)中的技術(shù)方案，下面將對實施例或現(xiàn)有技術(shù)描述中所需要使用的附圖作簡單地介紹，顯而易見地，下面描述中的附圖**是本發(fā)明的一些實施例，對于本領(lǐng)域普通技術(shù)人員來講，在不付出創(chuàng)造性勞動性的前提下，還可以根據(jù)這些附圖獲得其他的附圖。湖南全平臺邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺共同合作