秸稈通過非病原微生物作用還田具有提高土壤有機含量，改善土壤物理性狀，增加土壤微生物，使土壤變得松疏易于耕種，上海微生物有機肥菌劑，減少病蟲草害的發(fā)生。正確使用生物有機肥，底施微生物有機肥菌劑，可以提高農(nóng)產(chǎn)品的產(chǎn)量和品質(zhì)，具有很好的生態(tài)效益和經(jīng)濟效益。因此，生物有機肥工廠化生產(chǎn)對畜禽養(yǎng)殖業(yè)、肥料加工和種植業(yè)都會產(chǎn)生良好的經(jīng)濟效益和社會效益。此外，有機肥產(chǎn)業(yè)的發(fā)展還可以從根本上解決有機廢棄物對大氣、水和土壤環(huán)境的污染，天然微生物有機肥菌劑，使農(nóng)業(yè)生產(chǎn)走可持續(xù)發(fā)展的道路。

生物有機肥富含有益微生物菌群一般生物肥都含有酵母菌、乳酸菌、纖維素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有機肥還可能含有固氮菌、鉀細(xì)菌、磷細(xì)菌、光合細(xì)菌及假單胞菌等一些根際促生菌（PGPR）。這些菌除了具有產(chǎn)生大量活性物質(zhì)的能力外，有的還具有固氮、解磷、解鉀的能力，天然微生物有機肥菌劑，有的具有抑制植物根際病原菌的能力，有的則具有改善土壤微生態(tài)環(huán)境的能力。

生物有機肥具有肥效緩釋作用在堆肥過程中，微生物的繁殖吸收了化肥中的無機氮和磷，轉(zhuǎn)化為菌體蛋白、氨基酸、核酸等成分。一部分極易揮發(fā)的NH、被微生物增殖過程中產(chǎn)生的代謝產(chǎn)物如有機酸所固定，部分NH則被有機廢棄物的降解產(chǎn)物如腐殖酸所固定。部分化肥被吸持在微生物的巨大莢膜中，如硅酸鹽細(xì)菌的莢膜和菌體吸持K的功能使K的流失減少了1/3-l/2