許多生物有機肥料帶有病菌、蟲卵和雜草種子，這些不利于作物的健康生長，所以要經(jīng)過加工處理后才能施用。腐熟的有機肥不宜與堿性肥料混用，若與堿性肥料混合，會造成氨的揮發(fā)，降低有機肥養(yǎng)分含量，從而導致營養(yǎng)失衡。同時生物有機肥含有較多的有機物，不宜與硝態(tài)氨肥混用。生物有機肥可根據(jù)當?shù)氐脑线M行制作，底施生物有機肥價格，如城市生活垃圾和各種農(nóng)作物秸稈、樹葉雜草、瓜藤、稻草、松殼、花生殼、鋸木屑、谷殼粉、統(tǒng)糠、水果渣、干蔗渣、食用菌渣、酒糟、啤酒糟、糖渣、醋渣、淀粉渣、木薯渣、檸檬酸渣、醬油渣、味精渣、粉渣、豆腐渣、藥渣、油渣、油餅粕、糠麩、棉菜粕、霉變飼料、污泥、糖廠啤酒廠渣泥、屠宰下腳料、潲（泔）水、剩飯菜、人動物糞便等廢棄物。

生物有機肥施入土層不宜過深。因為生物有機肥是依靠其活性菌起作用的，其活性必須在一定的溫度、濕度、透氣性、有機物質(zhì)的條件下才能實現(xiàn)，因此施入太深會影響生物菌活性。生物有機肥以施在地表下10—15厘米處為宜。生物有機肥與其他種類的肥料包括糞肥（生雞糞等）配比要合理。給蔬菜施肥的原則是生物肥要，有機肥要腐熟，底施生物有機肥技術(shù)，化肥要元素全。在具體施用時應(yīng)注意生雞糞鹽分含量多，復合肥氮、磷、鉀配比多種多樣，應(yīng)視蔬菜種類、土壤條件等，先計算，再配比，后施用。

生物有機肥的利用價值提高化肥的利用率單純使用氮肥：由于揮發(fā)、淋失、徑流等原因，氮肥的利用率只有30%-50%，底施生物有機肥生產(chǎn)廠家，且造成地下水污染，施用生物有機肥后，可提高氮肥的利用率。同時施用生物有機肥后，有機肥經(jīng)微生物分解后產(chǎn)生的有機酸可使土壤中難溶的磷酸鹽轉(zhuǎn)化為可溶性養(yǎng)分，提高了養(yǎng)分的有效性，發(fā)揮了土壤的潛在肥力。2、改良土壤，提高土壤肥力：土壤施入生物有機肥后可增加土壤有機質(zhì)含量，經(jīng)微生物分解后形成腐殖酸，能改善土壤結(jié)構(gòu)，山西底施生物有機肥，增加土壤中有益微生物的含量，其中的解磷、解鉀細菌能有效活化被土壤固定的磷、鉀及其他養(yǎng)分，降低化肥用量，減少土壤板結(jié)，為大田作物生長提供適宜的生長環(huán)境。同時有些微生物分泌的植物能促進作物生長，如能拮抗病原生物。