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甲l基化特異性的PCR
Herman 等( 1996 )在使用重亞硫酸鹽處理的基礎(chǔ)上新建的一種方法。該方法敏感性高,主要用于作定性研究。用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,所有未發(fā)生jia基化的胞嘧定被轉(zhuǎn)化為尿嘧ding,而jia基化的胞嘧定不變;隨后設(shè)計針對jia基化和非jia基化序列的引物進行PCR。通過電泳檢測MSP擴增產(chǎn)物,如果用針對處理后jia基化DNA鏈的引物能得到擴增片段,則說明該位點存在jia基化;采用結(jié)合微陣列技術(shù)在染色體基因表達調(diào)控區(qū)域檢查染色體活性,是深入分析癌l癥、心血l管病以及中央神經(jīng)系統(tǒng)紊亂等疾病主要通路的一-種非常有效的工具。反之,說明被檢測的位點不存在jia基化。
特點:適用范圍廣,能夠檢測特異位點是否發(fā)生jia基化。
亞硫酸氫鹽測序法(Bisulfite sequencing PCR,BSP)
亞硫酸氫鹽修飾后測序法( BSP ) Frommer 等( 1992 )提出的研究 DNA jia基化方法,此方法可靠性及jing確度高,能明確目的片段中每一個 CpG 位點的jia基化狀態(tài)。用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,所有未發(fā)生jia基化的胞嘧ding被轉(zhuǎn)化為尿嘧ding,而jia基化的胞嘧ding不變。隨后設(shè)計BSP引物進行PCR,在擴增過程中尿嘧定全部轉(zhuǎn)化為胸腺嘧定,zui后對PCR產(chǎn)物進行測序就可以判斷CpG位點是否發(fā)生jia基化,稱為BSP-直接測序法。將PCR產(chǎn)物克long至載體后進行測序,可以提高測序成功率,這種方法稱為BSP-ke隆測序法。逆轉(zhuǎn)錄病毒表達系統(tǒng)是一種新的重組蛋白表達系統(tǒng),由逆轉(zhuǎn)錄病毒載體、輔助載體(表達病毒包裝需要的蛋白質(zhì))和包裝細胞系組成。
特點:jing確度高,能夠準(zhǔn)確檢測出jia基化的程度百分比。
分子與質(zhì)粒載體構(gòu)建
實驗原理
外源DNA與載體分子的連接就是DNA重組,這樣重新組合的DNA叫做重組體或重組子。重組的DNA分子是在DNA連接酶的作用下,有Mg2 、ATP存在的連接緩沖系統(tǒng)中,將分別經(jīng)酶切的載體分子與外源DNA分子進行連接。DNA連接酶有兩種:T4噬菌體DNA連接酶和大腸DNA連接酶。兩種DNA連接酶都有將兩個帶有相同粘性末端的DNA分子連在一起的功能,而且T4噬菌體DNA連接酶還有—種大腸連接酶沒有的特性,即能使兩個平末端的雙鏈DNA分子連接起來。但這種連接的效率比粘性末端的連接效率低,一般可通過提高T4噬菌體DNA連接酶濃度或增加DNA濃度來提高平末端的連接效率。分子實驗介紹——熒光定量PCR檢測熒光定量PCR是檢測生物樣品中RNA含量的普遍的方法,通過熒光染料或熒光標(biāo)記的特異性的探針,對PCR產(chǎn)物進行標(biāo)記跟蹤,實時在線監(jiān)控反應(yīng)過程,結(jié)合相應(yīng)的軟件可以對產(chǎn)物進行分析,計算待測樣品模板的初始濃度。
T4噬菌體DNA連接酶催化DNA連接反應(yīng)分為3步:,T4DNA連接酶與輔助因子ATP形成酶—AMP復(fù)合物;然后,酶—AMP復(fù)合物再結(jié)合到具有5’磷酸基和3’羥基切口的DNA上,使DNA腺苷化;后產(chǎn)生一個新的磷酸二酯鍵,把切口封起來。
DNA重組的方法主要有粘端連接法和平端連接法,為了防止載體本身的自連,可以通過(牛堿性磷酸酶)CIP處理克服。
連接反應(yīng)的溫度在37℃時有利于連接酶的活性.但是在這個溫度下,粘性末端的氫鍵結(jié)合是不穩(wěn)定的。因此人們找到了一個折中溫度,即12-16℃,連接12-16h(過夜),這樣既可大限度地發(fā)揮連接酶的活性,又兼顧到短暫配對結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定。